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黄瓜卷须初始节位GWAS分析及候选基因挖掘
DOI:
CSTR:
作者:
作者单位:

1.山西农业大学园艺学院;2.蔬菜生物育种全国重点实验室•中国农业科学院蔬菜花卉研究所;3.南京农业大学园艺学院

作者简介:

通讯作者:

中图分类号:

基金项目:

国家现代农业产业技术体系专项资金资助项目(CARS-23);中国农业科学院科技创新工程项目(CAAS-ASTIPIVFCAAS);蔬菜生物育种全国重点实验室项目;农业农村部园艺作物生物学与种质创制重点实验室项目


GWAS analysis of initial tendril nodes and candidate gene mining in Cucumber
Author:
Affiliation:

1.College of Horticulture,Shanxi Agricultural University;2.The State Key Laboratory of Vegetable Bio-breeding/Institute of Vegetables and Flowers,Chinese Academy of Agricultural Sciences;3.College of Horticulture,Nanjing Agricultural University

Fund Project:

The Earmarked Fund for Modern Agro-industry Technology Research System(CARS-23);The Agricultural Science and Technology Innovation Program of the Chinese Academy of Agricultural Sciences(CAAS-ASTIPIVFCAAS);The Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops, Ministry of Agriculture,PR China

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    摘要:

    卷须初始节位是黄瓜重要的农艺性状,是植株从幼苗期转入抽蔓期的重要标志,但是在黄瓜中调控卷须初始节位的基因尚未见报道。本研究以229份来自4种不同生态型(欧洲型、加工型、华北型和华南型)的黄瓜核心种质为试验材料,分别于2024年4月和8月在中国农业科学院寿光试验基地塑料大棚调查卷须初始节位,对其进行了表型分析,并通过全基因组关联分析在Chr.4、Chr.5和Chr.6上分别检测到4个重复位点:gITN4.1、gITN5.1、gITN6.1 和gITN6.2。基于对这4个位点内基因的序列分析、单倍型分析和表达分析,筛选出6个与卷须初始节位关联的候选基因:CsaV3_4G010490、CsaV3_4G010540、CsaV3_5G025510、CsaV3_5G025520、CsaV3_6G037390和CsaV3_6G051770。研究结果为培育适宜轻简化栽培的黄瓜品种提供了优良种质资源,为解析黄瓜卷须初始节位的分子调控机制奠定了基础。

    Abstract:

    The initial tendril node is a crucial agronomic trait in cucumber,serving as a key indicator of the plant's transition from the seedling stage to the vine-growing stage. However,no genes regulating the initial tendril node in cucumber have been reported to date. This study used 229 cucumber core germplasm accessions from four different ecotypes (European, Pickled, North of China, and South of China) as experimental materials. The initial tendril node was investigated in plastic greenhouses at the Shouguang experimental base of the Chinese Academy of Agricultural Sciences in April and August 2024. Phenotypic analysis was conducted, and through genome-wide association analysis, four repeated loci were detected on Chr.4, Chr.5, and Chr.6, respectively: gITN4.1, gITN5.1, gITN6.1, and gITN6.2. Based on gene sequence analysis,haplotype,and gene expression level analysis at these four loci,six candidate genes associated with tendril initiation node were identified:CsaV3_4G010490,CsaV3_4G010540,CsaV3_5G025510,CsaV3_5G025520,CsaV3_6G037390 and CsaV3_6G051770. These findings providing valuable germplasm resources for breeding cucumber varieties suited to simplified cultivation practices. This work also lays the foundation for elucidating the molecular regulatory mechanisms governing the initial tendril nodes in cucumber.

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  • 收稿日期:2026-01-10
  • 最后修改日期:2026-02-14
  • 录用日期:2026-02-25
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